Traqueur Stellaire

Rosie Redfield n’a pas pour habitude d’avaler la première couleuvre venue. Lorsque la NASA annonce fièrement avoir découvert une bactérie ne vivant que d’arsenic, en décembre 2010, son esprit scientifique reste sceptique face à l’avalanche médiatique. La lecture du papier de Wolfe-Simon et de ses collaborateurs, paru dans Science, n’a fait qu’éveiller de nombreux doutes chez notre chercheuse en microbiologie, et il n’est pas question de dire amen à toute publication estampillée Science ou Nature. D’ailleurs, et si ses critiques étaient bel et bien fondées ? Et si la bactérie à l’arsenic n’était qu’un faux résultat expérimental ? Rosie Redfield le suppose, mais encore faut-il le prouver.

Or Rosie a à sa disposition dans son labo de tout le matériel nécessaire pour tester son hypothèse. Le défi est donc relevé. Se procurant la souche bactérienne GFAJ-1, notre chercheuse sceptique se met au travail. Et plutôt que de consigner ses travaux dans son cahier de laboratoire, attendant patiemment de publier une contre-étude incendiaire, Rosie décide de bloguer ses expériences et ses résultats. Car elle est comme ça, Rosie. Une chercheuse open science que les amateurs de culture biopunk ne pourront qu’apprécier.

Depuis plusieurs semaines, Rosie publie donc les résultats de sa contre-expertise sur la bactérie GFAJ-1 depuis son blog, le RRResearch. Et quand un chercheur open science se met à la paillasse, il trouve forcément des choses à partager. Dans son dernier article sur le sujet, Rosie note ainsi que la souche bactérienne suivie pendant 40h en présence d’arsenate (40 mM) et de concentrations variables en phosphate ne se développe pas par rapport aux cultures-témoin (aux mêmes concentrations variables en phosphate mais sans arsenate). Gênant pour une bactérie arsenate-tolérante, non ?

L’article de Wolfe-Simon et al. serait-il donc du pipeau ? On se calme, Rosie n’est pas encore arrivée à cette conclusion massue. Car si je vous ai cité un de ses derniers travaux, après 40h de culture, il me faut aussi vous parler de ses résultats à plus grande échéance, après 225h d’incubation. Comme elle le synthétise pour une de ses expériences (Rosie est une chercheuse sérieuse, qui effectue de nombreux réplicats expérimentaux), la bactérie pousse très lentement en présence seule d’arsenate, mais elle pousse. Cependant, certains résultats la laissent encore perplexe : pourquoi sa souche ne se comporte pas de manière reproductible en co-présence de 40 mM d’arsenate et de 3 µM de phosphate ? Un coup la voilà croître lentement, comme les autres cultures en présence d’arsenate, un autre coup décide-t-elle de croître bien plus vite que le contrôle (3 µM de phosphate, 0 mM d’arsenate) ! Comment expliquer un tel comportement contradictoire ? Notre chercheuse se pose encore la question.

Rosie avance donc lentement mais sûrement. Hélas, la rentrée universitaire approche et la reprise des enseignements risque de la détourner de sa chère paillasse… Le rythme de publication de ses billets va donc certainement ralentir (Gromovar le comprendra très bien), mais ces premiers billets diffusés durant l’été demeurent un bel exemple de contre-expertise en ligne de papiers scientifiques. Le bloguage scientifique en sort également grandi, grâce à cette belle aventure d’open science. Il ne reste plus qu’à croiser les doigts pour que Rosie résolve son énigme scientifique !

La bactérie GFAJ-1. Crédits : Wolfe-Simon et al., 2010 / Science