Une page de ma vie se tourne !
Vendredi, 08 juillet 2011 | 
Tags: biologie | Catégorie: Notes en vrac, Scientifiction | 
Guillaume | 
35 commentairesMardi dernier, comme certains d’entre vous le savent déjà, j’ai soutenu ma thèse de doctorat et ainsi obtenu le grade de Docteur d’État en Biologie Marine. Me voici ainsi arrivé au terme de dix années d’études supérieures, après un parcours quelque peu complexe du à une bonne part de dilettantisme à mon arrivée en fac de sciences ! Mais qu’importe, une page se tourne désormais, et me voilà enfin sorti de l’Université (pourtant l’entrée était facile à trouver…).
Je n’ai jamais blogué mon sujet de thèse, ni abordé dans mes billets de thématiques s’en approchant. Non pas par superstition, mais tout simplement parce que j’ai toujours rechigné à mélanger loisirs et vie professionnelle. Pourtant aujourd’hui, je ferai une exception, pour satisfaire la curiosité des personnes m’ayant, à plusieurs reprises, demandé quel était le titre de ma thèse. Je vois le livre, dans toute sa simplicité : « Contribution à l’étude de la toxicité de Pseudo-nitzschia : régulation de la production d’acide domoïque et synthèse d’analogues chimiques ». Ouf. Essayez de le dire plusieurs fois de suite à l’oral et vous verrez que ce n’est pas plus compréhensible pour autant. Je suppose que vous n’aurez donc rien contre une petite présentation vulgarisatrice de cet intitulé ? ;)
Je vais être sympa avec vous, je passe la partie synthèse chimique, un peu trop absconse. Le tronc majeur de ma thèse, quant à lui, avait pour sujet l’étude d’un genre particulier de diatomées, appelé Pseudo-nitzschia. Les diatomées sont des micro-algues, invisibles à l’œil nu, mais jouant un rôle crucial au sein de la biosphère. Ces espèces phytoplanctoniques représentent pas moins de 25% de la production primaire mondiale ! Elles jouent également un rôle majeur dans les réseaux trophiques marins ainsi que dans la production d’oxygène et dans la séquestration du carbone par les océans (près de 25% de la fixation globale du CO2 sur Terre). Dans mon étude, je me suis intéressé à un genre particulier de diatomées marines, produisant une neurotoxine potentiellement dangereuses pour l’homme : l’acide domoïque.
Pseudo-nitzschia multiseries. Crédits : Guillaume C. (2007).
La production d’acide domoïque par Pseudo-nitzschia spp. présente un risque de contamination des organismes filtreurs et consommateurs primaires (herbivores). L’homme peut ainsi s’intoxiquer en consommant des fruits de mer contaminés, tandis que les super-prédateurs (oiseaux marins ou mammifères marins) peuvent également être contaminés en raison de leur position en fin de chaîne alimentaire. La neurotoxine agit en provoquant des lésions et nécroses sur les tissus nerveux, entraînant chez les patients des cas de désorientation, amnésie temporaire ou permanente, voire comas et décès.
Mais rassurez-vous, en France comme dans la plupart des pays côtiers disposant de réseaux de surveillance, vous ne courez aucun risque. La qualité des coquillages est évaluée avant leur commercialisation, ce qui permet de prévenir toute crise alimentaire. Cependant, si les seuils sanitaires sont atteints (au moins 20 µg de toxine par gramme de chair de coquillage), les lots contaminés sont interdits à la commercialisation pendant plusieurs semaines, entraînant un manque à gagner important pour les professionnels. C’est pourquoi la surveillance ne suffit pas. Il faudrait, dans l’absolu, pouvoir également prévenir les proliférations de diatomées toxiques afin d’apporter des outils d’anticipation pertinents pour les pécheurs et aquaculteurs.
Durant ma thèse, je me suis intéressé à deux facteurs de croissance de ces diatomées toxiques : le silicium et les sources azotées. Les teneurs en ces deux facteurs peuvent varier en milieu côtier, selon différents paramètres, naturels ou anthropiques. Il faut bien avouer que les sources azotées (nitrates, urée et ammonium) ont vu leurs teneurs fortement augmenter ces dernières décennies, menant conjointement avec le phosphore à des phénomènes d’eutrophisation côtière. Le cas le plus médiatique étant celui des algues vertes – problématique proche mais cependant hors sujet dans le cadre de ma thèse. J’ai donc réalisé une série de tests physiologiques en laboratoire, suivant l’assimilation du silicium et des sources azotées chez différentes souches cultivées de Pseudo-nitzschia. J’ai ainsi pu évaluer la croissance et la production d’acide domoïque de mes diatomées au cours de ces cultures, en faisant varier ces nutriments selon leur nature chimique.
La soutenance de thèse est l’occasion pour le futur docteur de défendre ses travaux au cours d’un long exposé de 45 minutes. S’en suivent les questions du jury de thèse, composé de docteurs et professeurs d’université. Dans mon cas, j’ai eu le droit à 2h15 de questions, une durée assez classique. Une fois les débats achevés et la délibération du jury annoncée, nous avons dignement célébré mon intronisation au rang de Docteur par un pot de soutenance bien arrosé. J’ai reçu pour l’occasion de sympathiques cadeaux, mes collègues de laboratoire connaissant un peu ma passion pour la science-fiction ! J’ai ainsi reçu en livres Radieux de Greg Egan et les deux volumes de l’intégrale P.K. Dick qui me manquaient, mais également le jeu de plateau Battlestar Galactica ! Enfin, petit clin d’œil amusant, j’ai reçu des peluches de micro-organismes ! Il s’agit de cyanobactéries (ça n’existe pas encore en diatomées malheureusement) du genre Anabaena, que je connais un peu pour avoir bossé dessus voici 7 ans (déjà !). Le genre pouvant produire des cyanotoxines, on ne s’éloigne pas trop encore de mon sujet de thèse ;)
Me voilà donc arrivé aux termes de ces quatre années de thèse. Je me suis longtemps demandé comment je présenterais la chose sur mon blog, si je parlerais en détail des problèmes de personnes ou de logistique que j’ai pu croiser dans ce panier de crabes qu’on appelle « la recherche française ». Au final, je n’ai pas trop envie de m’attarder sur les mauvais aspects. Ces quatre ans de labeur ont été très durs, harassants même, mais à quoi bon le répéter, vous vous en doutez certainement ! Aujourd’hui, l’heure est venue de célébrer la fin de cette thèse, et de tourner la page de cette expérience plus enrichissante que négative. Sans aucune rancune, je me prépare donc à entamer ma carrière professionnelle « post-doctorale ». Une page de ma vie se tourne… Et les mots me manquent pour conclure. Quoique. Cette thèse, et si c’était à refaire ?
Non, on ne répond pas à ce genre de question. C’était à vivre, assurément, voilà. Place à l’avenir maintenant !
Oh putain. Pour trois livres et un jeu je commence une thèse tout de suite.
Ils ne se sont pas foutu de moi sur le choix des bouquins par contre.
Vers l’infini et au delà !
Oups !
Bravo Docteur
j’ai sauté le passage vulgarisation pour le pot. ça me paraissait plus important
tu as des collègues de labo sympas et qui ont bon goût !
Et merci pour tout le poisson…. doc
« panier de crabes » : ça aussi c’est de la biologie marine!
Oh, quels gentils collègues (bon, j’ai sauté un peu la vulgarisation, parce que tu peux me parler de physique et de chimie tant que tu veux, mais la bio, j’ai jamais su et je ne saurais certainement jamais, c’est la seule matière qui m’a fait suer à l’école)(avec la gym)(au sens figuré mais au sens propre aussi).
« Radieux », j’ai très envie de l’acheter, je sens que s’il me reste de l’argent à la fin du mois, je me le commande (parce que je ne l’ai trouvé dans aucune des librairies où je l’ai cherché dernièrement).
Et, bien sûr (parce que je ne pense pas l’avoir déjà dit): Félicitations!
Félicitations, Docteur es Biologie Marine.
Il est amusant, ce choix de jeu (excellent au demeurant, j’ai le même à la maison) car si ma mémoire est bonne, il y a un épisode ou la diaspora des douze colonies part à la pêche aux algues pour refaire ses stocks de nourriture. Encore un élément raccord avec ta thèse
bravo docteur !
En tant que grand amoureux de Nietzsche, j’avoue que cette algue m’inspire une certaine curiosité.
Essayons de connecter cela à de la psycho et de la philo : est-ce que ton travail sur ces algues t’as poussé à lire du Nietzsche ?
Quoi qu’il en soit, bravo chef, tu as droit à toute mon admiration.
Et en passant, ces volumes de l’intégrale de P.K. Dick sont tip top, je les avais justement entre les mains pas plus tard que la semaine dernière.
(n’empêche que j’aurais bien voulu assister à la séance des 2h15 de questions-réponses !!!)
Tu pourrais faire prof. J’ai tout compris sur le vilain acide domoïque.
En lisant ton billet, je me suis demandée pourquoi ce choix de thèse plutôt qu’un autre ? comment choisit-on son sujet d’ailleurs ? pourquoi la biologie marine ?
Et maintenant ? quels sont les débouchés ? laboratoires privés ? prof de fac ? chercheur ?
Vas-tu partir à l’étranger car les budgets des chercheurs en France ne sont visibles qu’au microscope ?
Désolée si je suis trop curieuse
Encore félicitations !
Félicitations !
Et jolis cadeaux cadeaux ! Sympa tes collègues !
Bon par contre, 10 ans d’études pour 3 bouquins, non c’est pas rentable, je ne te suivrai pas sur ce chemin !^^
Félicitations !
Félicitations !
En tout cas, avoir un sujet de thèse aussi intéressant et dont l’utilité se comprend au premier coup d’oeil, c’est vraiment un truc chouette
Félicitations et bonne lecture ! J’ai beaucoup aimé ce second recueil d’Egan.
Battlestar Galactica est bien noté en jeu de plateau mais ne prends de l’ampleur qu’à partir de 5 si j’ai bien suivi.
Merci encore à tous !
@FG : j’ai vérifié parmi les créateurs du genre Pseudo-nitzschia, pas vraiment de lien avec le fameux auteur. Le nom veut surtout marquer une différence avec le genre très proche des Nitzschia qui fut décrit pour la première fois avant la naissance de Nietzsche.
@Val : j’enseigne déjà à temps partiel
Je recherche en France principalement, pour raisons familiales. Je bosse déjà en biologie marine de part mes stages et jobs précédents depuis 2002, en gros.
@Lorhkan : c’est la crise comme tu peux le voir
@317 : merci !
@Efelle : je les soupçonne d’avoir choisi ce jeu pour que je les invite par manque de joueurs
Félicitations Guillaume !! Après 10 ans, c’est un sacré aboutissement.
Je savais que tu faisais une thèse, tu en parlais parfois, mais je ne savais pas en quoi. La biologie marine, c’est un sujet qui m’intéresse en tant que fan de plongée sous-marine, alors ta vulgarisatrice était très intéressante. Merci
Félicitation,
« J’ai donc réalisé une série de tests physiologiques en laboratoire, suivant l’assimilation du silicium et des sources azotées chez différentes souches cultivées de Pseudo-nitzschia. J’ai ainsi pu évaluer la croissance et la production d’acide domoïque de mes diatomées au cours de ces cultures, en faisant varier ces nutriments selon leur nature chimique. »
Et la conclusion?
Merci ! Tant que le manuscrit n’a pas été rendu public par l’université, les conclusions de l’étude restent cependant confidentielles.
Bravo pour ton doctorat en biologie marine ! En fait, le lien avec la SF me semble tellement évident : lorsqu’on regarde les différentes formes de vie qui existent dans le milieu marin, on se dit que la SF s’inspire forcément de ce monde pour en créer d’autres.
J’espère en tout cas que tes futurs projets te permettront toujours de continuer à écrire des billets sur tes blogs, car j’ai toujours beaucoup de plaisir à les lire ! (Chroniques de Mars me semble prometteur !)
Bon courage pour la suite.
Félicitations, Docteur.
Qu’est-ce qu’il en est de la suite ? Tu es engagé pour faire des recherches, sur le même sujet, autre chose ?
Je voudrais rester dans la biologie marine; en fait on ne choisit pas vraiment son sujet de recherche; on postule à ce qui est proposé. On est recruté en thèse, comme en post-doc ou en poste de recherche, après concours ou candidature/entretien d’embauche. On va donc là où on est pris, il n’y a pas légion d’offres de poste, ceux qui correspondent à son profil sont très rares. D’ailleurs, si j’avais pas été pris sur cette thèse, j’aurais fait de la bioénergétique bactérienne, à défaut de mieux ! On essaie donc de rester dans la même thématique, si on peut. Pour le moment, depuis 2002, j’ai la chance de toujours travailler dans le domaine qui me plaît, mais j’ai changé 3 fois de sujet.
Toutes mes félicitations, Docteur ! Pseudo-nitzschia a du souci à se faire, et les rangs de la SF à se serrer pour faire place à une grosse tête de plus !
Bravo pour avoir réussi à accomplir ce parcours
Félicitations Docteur
Ca change drôlement des sujets de thèse que je vois passer à ma bibliothèque, mais j’ai (presque) tout compris à tes explications. Et j’aime beaucoup les micro-organismes en peluche, ça donne (presque) envie de faire une thèse !
Merci à vous
Quand j’ai vu le lien chez le Coucou, j’ai envisagé l’hypothèse d’une imposture. Fort heureusement, tout semble relever de la science et non de la fiction ! Bravo pour être parvenu à concilier toutes tes passions.
Rohhh c’est pas mon genre
Merci à toi 
Bravo pour la thèse !
Et bonne lecture. Le jeu aussi en vaut la peine.
Toutes mes félicitations! Après une décennie d’étude, qu’as-tu envie de faire là tout de suite?
Tout de suite ? Farniente au soleil
Félicitation alors. Encore une fois! C’est marrant comme finalement je connais pas mal de docteur en océanographie autour de moi. C’est un métier porteur? (ok je sors…). Bon hé bien, heureux pour toi car cela fait toujours plaisir de terminer quelque chose, d’autant que j’ai un ami qui galère pour terminer son doctorat en océano actuellement. Manque de temps, de moyens, de subventions, etc.
Le manque de moyens je connais, j’ai fait la quatrième année en bénévole pour ainsi dire…
C’est ce que fait mon pote actuellement. Du bénévolat plus l’encadrement d’élèves. C’est beau l’unif!
C’est catastrophique en effet… Heureusement que j’avais des vacations en enseignement privé pour gagner un peu d’argent.