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Les bactéries à l’arsenic de la NASA se font plomber par une nouvelle étude !

Vous souvenez-vous de l’annonce fracassante d’une forme de vie bactérienne capable de substituer le phosphore par l’arsenic dans ses biomolécules? L’étude réalisée par la NASA (Wolfe-Simon et al., 2010), qui avait fait l’objet d’une vive polémique après sa parution, sera peut-être au final bonne à jeter aux orties.

En effet, la microbiologiste et blogueuse Rosie Redfield (Université de Colombie Britannique, Vancouver) a mené avec ses collaborateurs une contre-étude complète sur ces fameuses bactéries GFAJ-1 prélevées par Wolfe-Simon dans le lac Mono, en Californie. Et d’après les premiers résultats qui ont filtré, il s’avère qu’aucune bactérie n’est capable de croître de manière conséquente en absence totale de phosphore. Toute culture microbienne réalisée en présence d’arsenic nécessite un petit apport initial de phosphore pour croître correctement. Marshall L. Reaves, doctorant à l’Université de Princeton (New Jersey) et collaborateur de Rosie Redfield, s’est pour sa part intéressé à la composition chimique de l’ADN de ces bactéries cultivées en présence d’arsenic, autre point de controverse. Et contrairement à l’étude de la NASA, il n’a pas trouvé la moindre trace d’arsenic dans leur ADN.

Quelles réponses donneront les défenseurs de Wolfe-Simon à cette contre-étude ? Certainement considèreront-ils que ces résultats négatifs sont dus à la présence de phosphore dans le milieu de culture. Wolfe-Simon et ses collaborateurs avaient quant à eux annoncé une culture réussie de la bactérie en présence seule d’arsenic. Ce genre de réponse serait plutôt malhonnête, puisque la plupart des critiques postées suite à la publication de l’article de la NASA pointaient du doigt une possible carence en phosphore incomplète des bactéries ! Au contraire, les résultats de Redfield et de ses collaborateurs tendent plutôt à démontrer que GFAJ-1 est arsenic-tolérante, mais en aucun cas capable de se passer totalement de phosphore !

Autre point critiquable, l’empoisonnement à l’arsenic se manifeste biochimiquement par une substitution du phosphate de l’ATP avec cet atome (formation d’adenosine-5’-diphosphate-arsenate). Il est donc étonnant qu’aucun de ces nucléotides ne présente d’arsenate dans les travaux de Redfield et Reaves. Est-ce un point critiquable ? Pas si sûr. Lors de l’incorporation de l’arsenic dans les nucléotides, il se produit la réaction biochimique suivante : ADP (adénosine diphosphate) + Arsenate = Adenosine-diphosphate-Arsenate (Gresser, 1981). Or lors de la réplication de l’ADN, le nucléoside triphosphate (adénosine triphosphate ou autre) réagit avec l’extrémité 3′ -OH d’un brin d’ADN pour s’y fixer directement par le phosphore accolé au nucléoside. Les deux autres phosphates sont alors éjectés sous la forme PPi (pyrophosphate inorganique). Or, dans le cas de l’adenosine-P-P-As, c’est le motif -P-As qui va être éjecté ! Dans ces conditions, l’arsenic ne sera incorporée dans l’ADN qu’à condition que la bactérie puisse croître uniquement en présence d’arsenic et sur plusieurs générations (pour « diluer » significativement le phosphore déjà métabolisé dans les nucléotides avec un pool conséquent d’arsenic…). Or Redfield et ses collaborateurs ont montré que la bactérie GFAJ-1 ne pouvait quasiment pas croître uniquement en présence d’arsenic !

Le mystère des brins d’ADN incorporant de l’arsenic reste une énigme de l’étude de Wolfe-Simon et al. Comment justifier son absence même fortuite dans les résultats de Reaves ? Il reste cependant difficile de prouver qu’aucun atome d’arsenic n’ait été assimilé dans l’ADN de GFAJ-1, et les résultats de Reaves et de Redfield ne permettent pas de le conclure avec une totale certitude. Cependant, Wolfe-Simon émet l’hypothèse que les brins d’ADN présentant de l’arsenic pourraient être moins stables, et que leur séparation par centrifugation sur un gradient de chlorure de césium les renverrait à des bandes de très petit poids moléculaire difficilement discernables. Or Reaves ne s’est pas contenté d’analyser en spectrométrie de masse les bandes d’ADN les plus nettement séparées par centrifugation, il s’est appliqué à analyser tout l’ADN purifié sur gradient CsCl. Mieux encore, Redfield a comparé les tailles des brins d’ADN de bactéries cultivées avec ou sans arsenic après centrifugation sur gradient CsCl, et n’ a trouvé aucune différence. Pour Redfield, l’erreur expérimentale est à exclure et il faut mieux parier que l’ADN à l’arsenic soit moins stable et éliminée par les bactéries. L’équipe de Rosie Redfield vient donc de marquer un point dans cette polémique. Attendons cependant la réponse de la défense avant d’enterrer définitivement la bactérie à l’arsenic. Mais au vu de ces nouveaux résultats, la NASA va devoir ramer pour sauver son étude…

La bactérie GFAJ-1 qui se prenait pour un alien. Crédits : Wolfe-Simon et al., 2010 / Science


YFL-500 – Robert Charles Wilson

J’ai déjà eu occasion d’écrire sur ce blog tout le bien que je pense de la collection « Folio 2€ ». Dotée d’un catalogue intéressant et permettant de découvrir un auteur à moindre frais, cette collection a tout pour plaire. Après avoir chroniqué deux parutions consacrées à Thomas Day et Isaac Asimov, j’ai jeté mon dévolu sur YFL-500, recueil de deux nouvelles de Robert Charles Wilson, initialement parues en français dans Mystérium, Romans et nouvelles (collection « Lunes d’encre » aux éditions Denoël).

Deux nouvelles nous sont proposées, toutes deux de qualité bien que d’intérêt inégale à la lecture. « YFL-500 », qui constitue le cœur de ce recueil, nous plonge dans un futur proche, où la société est divisée entre oisifs assumés et derniers travailleurs enrichis. Dans ce curieux monde robotisé post-capitalisé, les artistes ont pignon sur rue. Gordo Fisk est un transreprésentationnaliste. Il représente des sculptures inspirées de données informatiques brutes, et cherche à en tirer une vision artistique. Sa carrière stagne, dans l’ombre de ses parents, artistes géniaux et influents. Alors qu’il est traité pour son absence de rêves, son médecin lui présente le fichier YFL-500 : la représentation graphique d’un songe, restitué en signaux neurologiques. Fisk tombe amoureux de ce rêve, qu’il transforme en son œuvre artistique majeure. Hanté par le nom de la patiente qui vendit son rêve aux médecins, Iris Seawright, il se met en quête de sa muse. Une nouvelle efficace, mêlant poursuite amoureuse et « science art », qui témoigne de tout le talent de Robert Charles Wilson.

« Mariage de la dryade » nous mène sur la planète Isis, colonisée par des post-humains. Chaia Martine a été cérébralement reconstruite après un tragique accident. Elle est une dryade. Nouvel esprit né dans un cerveau reconstitué, elle dispose du corps de l’ancienne Chaia, dont elle ne conserve aucun souvenir. Elle doit épouser Gray McInnes, l’ancien époux de Chaia, mais est partagée par ses sentiments. Une autre vie à poursuivre… Est-ce encore sa propre vie ? Nouvelle débutée avec brio dans la veine des récits sur la conscience et son corps-hôte, le « Mariage de la dryade » s’égare finalement dans un trip sur la communion universelle des « esprits ». Décevant et frustrant, malgré la belle écriture de Robert Charles Wilson.

Au final, le lecteur trouvera dans YFL-500 deux bons récits de Wilson. Un premier texte, efficace et marquant, suivi d’un second texte qui n’a hélas pour lui que la très belle écriture de Wilson. Une légère déception, sans rejeter pour autant mon plaisir de lecture.


Devil Girl from Mars – David MacDonald (1954)

L’arrivée de vieux films de science-fiction dans le domaine public s’accélère depuis quelques années, et de véritables pépites sont désormais accessibles sur google video pour qui veut bien y jeter un œil. Alors, comment ne pas succomber aux charmes de Devil Girl from Mars, film britannique de David MacDonald, avec ses effets spéciaux à faible budget, ses dialogues simplistes et son scénario trivial ? Réchauffez le pop-corn, sortez le cola du réfrigérateur, et installez-vous bien confortablement dans votre canapé, car la séance va débuter.

Nous sommes dans un pub campagnard, perdu dans la lande écossaise. Mrs. Jamieson est une hôtesse réputée, et son mari alcoolique ne manque pas de rajouter une touche de charme écossais à son coquet établissement. La nuit est tombée depuis plusieurs heures lorsqu’une voiture se gare dans la cour. Un journaliste américain, Michael Carter, accompagne le Pr. Arnold Hennessey à la recherche d’un météore tombé non loin de là. Leurs investigations ne sont guère chanceuses, et les deux hommes se sont perdus en chemin. Ils décident de passer la nuit dans notre auberge écossaise et de reprendre leur route le lendemain matin, lorsqu’un éclair éblouit la campagne environnante. Une soucoupe volante vient de faire son apparition, et sous les regards médusés des clients et aubergistes, se pose à quelques mètres de l’établissement.

Intrigués par cet insolite objet volant, nos observateurs se perdent en conjectures sur la nature du vaisseau lorsque surgit dans l’auberge une grande femme brune, entièrement vêtue d’un costume moulant et d’une longue cape de vinyl. La Commandante Nyah, aussi sexy soit-elle, n’en reste pas moins une femme dangereuse qui manie avec dextérité son pistolet désintégrateur. Imposant son autorité aux occupants de l’auberge, elle leur révèle faire partie de l’avant-garde martienne, venue capturer des hommes sur Terre. Car après la terrible guerre des sexes qui ravagea la planète Mars, les femmes ont pris le pouvoir et castré leurs adversaires masculins. Ce qui provoqua malheureusement une catastrophique baisse de la natalité martienne. Notre émissaire sexy est donc venue capturer un vigoureux terrien, et compte bien se servir dans cette auberge écossaise. Nos valeureux terriens ne l’entendent pas de cette oreille, et tentent à plusieurs reprises de tuer la maîtresse Nyah. Mais comment stopper une femme que ni les balles, ni l’électricité ne peut vaincre ? Nos pauvres otages découvrent également que Nyah radio-commande un robot humanoïde désintégrateur, et que leurs chances de salut sont bien maigres… Lasse de leurs vaines tentatives de rébellion, Nyah finit par poser un ultimatum. Qu’un terrien la suive de son plein gré jusqu’à Mars, et il aura la vie sauve. L’auberge et ses habitants, quant à eux, seront désintégrés. Devant ce mauvais coup du sort, le flegme britannique et la fougue américaine parviendront-ils à triompher du sado-masochisme martien ?

Descendu en flèche par la critique lors de sa sortie, Devil Girl from Mars possède pourtant deux arguments de poids : une martienne aussi sexy qu’une maîtresse S.M. de donjon, et une soucoupe volante d’un kitch extrême. L’ambiance terrifiante est suggérée par les incessantes visites de Nyah à l’auberge, qui manquant à toutes les règles élémentaires de courtoisie, ne consomme jamais rien au bar et prend un malin plaisir à désintégrer, hypnotiser, séquestrer et menacer les gens. Cette femme est démoniaque, et d’ailleurs ne faut-il pas l’être pour se vêtir d’une mini-jupe en simili cuir et d’une longue robe en vinyl ? L’habit fait le martien, c’est bien connu. Pour un film N&B de 76 minutes, le baromètre du kitch atteint donc des sommets et la séance vous offrira un réel moment culte. Sans vraiment savoir si David MacDonald cherche à parodier les films de SF américaine de la même époque ou s’il croit très sérieusement en sa production, Devil Girl from Mars est un régal pour tout amateur de « flying saucer low budget ». Et de femmes fatales en simili cuir, cela va de soit.


[Apocalypse 2012] Quand les Aliens nous rendent visite…

Cette année serait donc la dernière avant la Fin du Monde ! Alors pour célébrer dignement ce grand feu d’artifice final, je vous propose de retrouver, chaque mois, une nouvelle théorie apocalyptique. Ce mois-ci, nous commençons très fort avec une révélation choc. Les Aliens seront à l’origine de la fin du monde le 21 décembre prochain ! Les preuves s’accumulent, et bien entendu nos gouvernements nous mentent. Mais heureusement, youtube veille, sans relâche, pour nous mettre en garde.

La menace nous tombera dessus depuis les étoiles et les planètes cachées du système solaire : les Dieux Aliens reviendront sur Terre, et ils ne sont pas contents ! Leurs vaisseaux spatiaux sont d’ailleurs annoncés par le calendrier Maya, c’est pour dire la véracité de l’information. Prions, mes frères, pour qu’ils ne débarquent que pour assister à la sortie en salle du très attendu Hobbit de Peter Jackson…

Mais nous avons encore pire à craindre. Alors que les sentinelles du web guettent les premières soucoupes, Alain tente de nous prévenir de l’odieux complot qui étreint déjà notre monde. Car les Aliens sont déjà parmi nous ! D’ailleurs, Pompidou était un hybride reptilien, le prince de Galles en est un aussi (ses oreilles le trahissent). La liste est longue, car les hybrides sont entretenus dans le plus grand secret par nos gouvernements… D’ailleurs, ils se préparent déjà à nous élever comme des animaux d’abattoir…

Il n’y a plus à en douter, les Aliens sont parmi nous. Et nous en sommes des poulets, meuuh ! Merci Alain pour ce témoignage courageux. Nous ne doutons pas que sa tête a déjà été mise à prix par les agences secrètes du monde entier. Et dire que sans le travail d’investigation du célèbre journaliste Bernardo de la Villardière, cette information capitale nous aurait été cachée jusqu’au bout. Si c’est pas honteux, tout ça…


Journal de bord #23

Une récente chronique d’Elbakin autour de la notation des chroniques – et d’une déconvenue que cette notation leur a attiré – me donne l’occasion de revenir sur l’abandon progressif des notations pour mon propre blog mise en place depuis septembre dernier. Non pas que je fus victime du mécontentement d’un éditeur ou d’un auteur – chose toujours désagréable, et bien que ce genre de déconvenue me soit déjà arrivé cela n’a pas eu la moindre incidence sur ce présent billet – mais en raison d’une réflexion mûrement réfléchie sur les notations en elle-même, que je vous propose de vous raconter dans ce billet.

La note est un élément pratique d’une chronique. Pour le lecteur parcourant distraitement votre prose en diagonale, elle sert en quelque sort d’indice résumant votre billet. Aussi le choix de la notation est particulièrement sensible : faut-il noter sur 5, sur 10 ou sur 20 ? Pour ma part, j’avais tranché en faveur de la note sur 20. Car plus il y a de points, plus on peut s’attendre à des nuances dans sa critique. Idéal pour faire ressortir le ressenti global et les nuances de votre chronique. Mais le piège réside dans la recherche de la note parfaite ! Et je confesse m’être égaré dans des notations allant jusqu’à la décimale (comme des 10,5/20) dont la ridicule précision ne signifie plus grand chose pour le lecteur. Car noter jusqu’à la décimale, quel que soit le système de points retenu, suppose que votre notation suit un barème pré-établi. Utopique ! Et d’ailleurs, que le blogueur ayant pour sa part déjà couché sur le papier un tel barème me jette la première pierre. Aucun projectile en vue ? Je l’aurais parié ! Nous tenons donc là ma première remarque en défaveur de la notation : l’absence de barème justifiant la dite note.

Second point négatif pour la notation, son application homogène à tout type de livre et de genre littéraire. Cet argument m’est venu en chroniquant des livres d’Heinlein. Etant donné que je suis un très grand amateur de cet auteur, il m’est rapidement paru ridicule d’attribuer systématiquement une note de « fan » pointant le 20/20. D’une part parce que tous les romans d’Heinlein ne sont pas des réussites catégoriques, et d’autre part parce que noter aussi subjectivement n’apporterait rien à ma chronique. Progressivement, j’ai élargi cette réflexion aux livres que j’étais tenté de « surnoter » de part mon enthousiasme de lecteur. Une très bonne note avait-elle objectivement toujours le même « poids » ? Peut-on ainsi raisonnablement, avec ou sans barème, noter de la même manière le Cycle de Fondation d’Asimov, A la recherche du temps perdu de Proust, Le gène égoïste de Richard Dawkins ou encore L’Ascension d’Horus de Dan Abnett ? La réponse est non, non, trois fois non ! A moins d’appliquer à chaque genre son propre barème, la comparaison entre notes devient ridicule. Et la remarque s’applique aussi bien aux sous-genres : puis-je décemment noter sur la même base le Seigneur des Anneaux de Tolkien et Wastburg de Cédric Ferrand ? Ne serai-je pas tenté de donner une note d’excellence à Tolkien, qui malgré un style correct mais encore assez loin de mériter un Prix Nobel de Littérature, a su profondément influencer ses contemporains en fondant la « high fantasy » ? Et puis-je sérieusement comparer Tolkien à Cédric Ferrand, deux auteurs suivant des voies radicalement différentes (et je n’oserais même pas opposer Cédric à Asimov par le même jeu des notations, l’exercice deviendrait alors carrément grotesque) ? Vu que comparer les notes de deux ouvrages pris au hasard sur mon blog risque donc de paraître absurde, la notation se retrouve cantonnée à ce qui reste « comparable ». C’est pourquoi je continue à donner une note aux romans de la série « L’Hérésie d’Horus », c’ils sont écrits par plusieurs auteurs, ils proviennent tous d’un univers commun et se rattachent à la même littérature de licence. Leur comparaison se justifie donc amplement et devient même utile au lecteur pour suivre l’évolution de la « qualité » des tomes au fur et à mesure de leurs parutions.

Si vous n’êtes pas encore convaincus par mon choix d’abandonner toute notation, voici un dernière carte à abattre. Au cours de mes trente-huit mois de blogging, mon opinion de lecteur a su évoluer et s’est adaptée en conséquence. Aussi je ne porterais certainement pas un regard rigoureusement identique sur une œuvre chroniquée il y a deux ou trois ans de cela. Or la notation n’est en rien un indice dynamique, bien au contraire. Elle cristallise dans le temps un avis passé et ne tient plus compte de l’évolution des points de vue. La rédaction d’Elbakin s’est récemment posé la question, en décidant de noter désormais plus durement les bouquins chroniqués et de revenir sur leurs notations passées (travail colossal vu que le site est actif depuis 11 ans !). Une note des débuts de leur site est donc à considérer comme plus « laxiste » qu’une note récente. La notation devient donc hétérogène dans le temps et la comparaison de notes au fil des mois ne tient plus la route. Pour le blogueur voulant revenir en arrière et réviser ses notations passées, deux solutions s’offrent alors à lui : changer la note « à la hussarde » ou réécrire la chronique. Le premier choix a l’avantage d’être rapide, mais devient bancal. Imaginez que vous ayez adoré la bitt-litt dans vos jeunes années, et qu’après avoir ouvert les yeux sur votre candeur adolescente, vous souhaitiez rectifier le tir. Encenser dans votre chronique un bouquin pour le rabaisser au final à un 9/20 fera tâche. Aussi la première option est plutôt risquée, peut-être même faut-il mieux ne rien changer et avouer vos erreurs de jeunesse dans les commentaires. On vous pardonnera. La seconde option, quant à elle, demande plus de travail mais a le mérite, à long terme, d’homogénéiser vos notations. Relire un livre pour lequel votre précédente note vous semble douteuse, réécrire sa chronique et la proposer de nouveau à vos lecteurs devient un bel exercice critique. Je l’ai déjà fait à plusieurs reprises, réécrivant notamment trois fois de suite ma chronique de la Horde du Contrevent de Damasio : m’excusant dans la première version de n’avoir pas aimé un livre « encensé » par mes collègues, j’ai dans un second temps revendiqué ma déception, avant de publier une troisième version de ma chronique dans laquelle je descend carrément le livre (et tant pis pour les fans). A chaque fois, j’ai modifié la note (qui a perdu 5 points en un an tout de même !), m’interrogeant a final sur l’intérêt de conserver cette note. La réécriture de mon billet ne m’avait-elle pas justement permis de me différencier tout d’abord des autres blogueurs, puis de mes autres lectures et enfin de mes autres chroniques ? Au final, n’était-ce pas l’argumentaire de la chronique, et non ma note finale, qui prévalait ?

Voilà donc pourquoi depuis septembre dernier j’expérimente l’abandon progressif des notations en fin de chronique. D’abord pour les ouvrages et les films, puis pour les chroniques musicales. Le résultat force certainement les lecteurs à lire le dernier paragraphe de chaque chronique, cette petite synthèse résumant mon avis et fixant l’appréciation finale, tandis que l’absence de notes laisse le champ libre à chacun pour s’en fixer une. Vous aurez donc compris que pour ma part, l’abandon des notes marque à la fois une progression dans ma réflexion de blogueur et une réponse face aux problèmes que ces indices me posent personnellement. Alors, après un tel réquisitoire, peut-on encore défendre les notes, et dans quels cas de figure la notation peut-elle tout de même se révéler utile ? Je dirais que la notation, en tant qu’indice subjectif, peut permettre une comparaison entre chroniqueurs. C’est ce que font par exemple des sites comme Scifi-Universe ou Nightfall. La moyenne des notations permet ainsi d’obtenir un indice global d’appréciation de l’œuvre par la rédaction, et peut même être comparée à un vote en ligne du public. Mais pour le blogueur, entité subjective solitaire, la notation ne remplit plus ce rôle de comparateur d’opinions personnelles : comment s’auto-comparer sans friser la schizophrénie ? Au contraire, elle force à opposer des genres, des auteurs et des avis passés bien souvent incomparables.

Alors, pourquoi m’embêter encore à noter, si moi-même, je ne m’y retrouve même plus dans mes propres notations ?